Ini adalah bumi di masa depan. Umat manusia bersatu dan melupakan peran antar sesamanya setelah umat manusia hampir disapu bersih oleh invasi makhluk luar angkasa, yang disebut Bugger (atau Formic, terserah kalian deh). Bugger adalah makhluk berakal seperti manusia, tetapi berbentuk serangga dan memiliki pikiran kolektif layaknya semut atau lebah. Kedatangan pertama para Bugger disebut sebagai Invasi Pertama, dan inilah saat ketika manusia mengetahui keberadaan makhluk berakal selain mereka. Walaupun Invasi Pertama berhasil dihentikan, beberapa puluh tahun kemudian para Bugger melancarkan serangan besar-besaran yang disebut sebagai Invasi Kedua.
Para Bugger memiliki teknologi yang jauh lebih maju daripada manusia. Satu-satunya alasan umat manusia masih selamat adalah karena mereka memiliki komandan perang paling brilian di masa itu, Mazer Rackham, yang berhasil mengalahkan para Bugger dengan strategi. Sejak saat itu, umat manusia menunggu dengan takut akan tibanya waktu ketika para Bugger menyerang lagi. Kekhawatiran inilah yang melatarbelakangi kuatnya posisi International Fleet (IF), yang terdiri dari militer seluruh dunia dan melakukan berbagai cara untuk menemukan solusi dalam melawan para Bugger. Perang Bugger juga mengakomodasi keberadaan Hegemoni, pemerintahan gabungan seluruh dunia, yang memastikan setiap negara 'bersikap baik' dan mengakomodasi usaha perlawanan Bugger.
Salah satu aturan utama yang diterapkan Hegemoni adalah Hukum Pembatasan Populasi yang dengan tegas melarang sebuah keluarga memiliki lebih dari dua anak. Anak ketiga, disebut sebagai Third, tidak dapat menerima pendidikan ataupun fasilitas apapun dari pemerintah. Keluarga, atau bahkan negara, yang tidak patuh akan terasing dan tidak mendapat bantuan dari Hegemoni.
Selama bertahun-tahun, IF merekrut anak jenius dari seluruh penjuru dunia untuk bergabung dengan fasilitas pelatihan militer mereka, Battle School, yang bertujuan untuk menciptakan anggota-anggota militer yang tangguh. Akan tetapi, tidak hanya sekedar prajurit, tujuan utama Battle School adalah menciptakan seorang komandan perang, seorang Mazer Rackham baru, yang akan memimpin militer dunia dalam mempertahankan bumi dari para Bugger. Betapa ironisnya ketika solusi keselamatan manusia ini justru datang dalam bentuk anak yang tidak diakui pemerintah, dalam wujud seorang Third.
